PLATEFORME RAINBOW : SUIVI PHARMACODYNAMIQUE PAR OMIQUE UNICELLULAIRE

Biomarqueur

Médecine de précision

Recherche translationnelle (TRL 4-5)

Plateforme d'analyse omique unicellulaire pour étudier les changements longitudinaux au cours du traitement (y compris pendant l'aplasie) chez les patients traités pour une leucémie aiguë myéloïde (LAM).

La LAM se caractérise par son hétérogénéité, et des populations de cellules rares au sein du bulk leucémique peuvent avoir un impact significatif sur les résultats du traitement. Notre plateforme d'analyse omique unicellulaire permet un profilage complet des cellules leucémiques individuelles, offrant une précision et une spécificité inégalées. Ce niveau de détail permet d'identifier des biomarqueurs uniques qui peuvent ne pas être détectés par une analyse globale, offrant ainsi un reflet plus précis de l'état de la maladie et de la réponse au traitement.

Description

Périmètre des activités de recherche

Recherche translationnelle pour analyser les changements longitudinaux dans le génotype ou le phénotype des cellules leucémiques et immunitaires à la résolution de la cellule unique chez les patients LAM en cours de traitement et découvrir des biomarqueurs prédictifs grâce à :

L'omique unicellulaire (ADN, ARN, protéine de surface, méthylation),
Des tests fonctionnels de cytométrie de flux (par exemple profilage BH3, efflux PgP, SCENITH) couplés à l'analyse de l'expression des protéines de surface,
Y compris dans des sous-populations rares (CSL) ou des cellules non leucémiques (cellules T infiltrantes),
Analyse d'échantillons frais ou congelés viables,
Suivi longitudinal, y compris dans les échantillons hypocellulaires (par exemple, aplasie induite par les médicaments).

Conduite des études

Les étapes :

Conception de l'étude
Définir les moyens/ressources et proposer un calendrier (étapes, GO/NO-GO, estimation des coûts)
Organisation, mise en œuvre et réalisation de l'étude
Analyse des données et remise d'un rapport d'étude avec des recommandations

Infrastructure de recherche

Plateformes d'expérimentation et d'analyse :

Tapestri, Mission Bio
Chromium X, 10X Genomics
Distribution automatisée de liquides (Biomek i5, Beckmann Coulter)
Enrichissement cellulaire magnétique (MACS, Miltenyi)
Tri cellulaire spectral (BigFoot, ThermoFisher)
Cytomètre en flux pour le criblage à haut débit (3 lasers, 13 paramètres, iQUE3, Sartorius)
Cytomètre en flux conventionnel (2 lasers, 8 paramètres, Cytoflex, Beckmann Coulter)

Modèles :

Cellules primaires de patients atteints de LAM (y compris les LAM R/R ; entièrement annotées - données démographiques, thérapies antérieures et génétique)
Lignées cellulaires humaines de LAM (étalonnage de l'essai)

Essais :

ADN unicellulaire ± protéine de surface ± méthylation ciblée
ADN unicellulaire ± protéine de surface ± accessibilité à la chromatine
Cytométrie en flux
Profilage BH3
Efflux de PgP
SCENITH
Apoptose / Ferroptose

Personnels techniques :

1 clinicien-chercheur (supervision scientifique, analyse de données)
1 Manager (ingénieur) opérationnel
1 ingénieur et 1 assistant ingénieur (cytométrie en flux et essais unicellulaires)

Quality assurance

Certification des plateformes technologiques de l'Université Paris Cité (en cours)

Spécifications

La plateforme

Études translationnelles utilisant des cellules primaires de patients atteints de LAM, pour l'analyse des changements dynamiques de biomarqueurs génétiques ou fonctionnels à la résolution d'une seule cellule.

Les études

Omique unicellulaire :

Dynamique clonale sous traitement
Différenciation sous traitement (avec ou sans information génétique)
Changements dans l'expression génétique des biomarqueurs à une résolution unicellulaire sous traitement (cellules leucémiques ou cellules immunitaires, y compris dans le contexte de la moelle osseuse aplasique induite par les médicaments)
Dynamique des CSL sous traitement

Cytométrie en flux fonctionnelle

Expression des protéines (de surface ou intracellulaires) à une résolution unicellulaire et modifications sous traitement
Dépendance à l'égard de BCL-2/BCL-xL/MCL-1 et modifications sous traitement
Dépendance à l'égard de l'OXPHOS/glycolyse et modifications sous traitement
Phénotype MDR (activité PgP) à une résolution unicellulaire et modifications sous traitement
Mort cellulaire apoptotique (Annexin V) ou ferroptotique (C11-BODIPY) et modifications sous traitement

Exemples de partenariats

Expression de surface d'une cible d'immunothérapie sur les cellules leucémiques et leucémiques résiduelles – Expression de surface d'un biomarqueur dans des échantillons primaires de LAM R/R avec annotations cliniques, y compris l'expression différentielle dans les compartiments leucémiques (e.g. CSL)

Partner : ADVESYA

Dynamique de la résistance au vénétoclax azacitidine – Suivi longitudinal des modifications de l'expression génique, de la dépendance à l'égard de BCL-2 et des changements métaboliques au cours des premières phases de traitements à base de vénétoclax dans la LAM nouvellement diagnostiquée.

Partner : INCa / DGOS (PRT-K)