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  • Thérapie ciblée
  • Chimiothérapie
  • Recherche clinique (TRL 6-8)
  • Recherche dans le monde réel (TRL 9)

Développement de kits diagnostics médicaux par technologie NGS, pour la détection de mutations dans les leucémies aiguës, au laboratoire d’hématologie du CHU de Toulouse.

La prise en charge clinique des leucémies repose sur les résultats de cytologie, de cytométrie en flux, de cytogénétique et de biologie moléculaire dans un délai de plus en plus contraint par l’arrivée de nouvelles thérapies ciblées utilisées en induction des traitements. Pour répondre à cet enjeu, nous avons développé des méthodes de diagnostiques rapides (3 jours) et sensibles (0.5%) basés sur des panels restreints adaptées à des demandes précises cliniques éprouvées depuis 7 ans dans le laboratoire d‘hématologie du CHU de Toulouse. Ces techniques sont accréditées Cofrac et EFI (chimérisme).

Description

Périmètre de l'offre

Diagnostic médical moléculaire des leucémies.

Notre offre originale (conception, réalisation, validation de méthodes, accréditation Cofrac) de diagnostic moléculaire complémentaire des analyses extensives des leucémies permet de répondre à 2 demandes cliniques :

  • Une réponse rapide en 3 jours
  • Une analyse très spécifique de mutations de leucémies, répondant à des questions cliniques très précises, importantes soit pour le suivi du patient, soit pour son diagnostic, soit pour l’utilisation d’un traitement ciblé sans besoin nécessaire d’une analyse extensive, permettant une économie de coût (coût réactif de l’ordre de 15€ par échantillon)

Les analyses réalisées par une procédure similaire permettant leur combinaison portent sur :

  • Les leucémies aiguës myéloïdes (392 réalisés en 2022)
  • Les syndromes myélodysplasiques et syndromes myélodysplasiques/syndromes myéloprolifératifs (622 réalisés en 2022)
  • Les néoplasies myéloprolifératives (thrombocytémie essentielle, polyglobulie de Vaquez, myélofibrose, mastocytose, LMC atypiques ; 2.083 réalisés en 2022)
  • Les syndromes lymphoprolifératifs (641 réalisés en 2022)
  • Les résistances aux thérapies innovantes (364 réalisés en 2022)
  • Le chimérisme post-allogreffe (1149 réalisés en 2022)

Conduite des études

Les étapes :

  • Analyse du besoin diagnostic
  • Conception
  • Réalisation
  • Validation de méthodes
  • Accréditation Cofrac

Infrastructure de recherche

Le secteur de biologie moléculaire du laboratoire d’hématologie du CHU de Toulouse analyse 5.000 patients suspects d’hémopathies malignes et 10.000 échantillons par an. Plus de la moitié des analyses moléculaires sont réalisées par séquençage de nouvelle génération, soit par panel restreint (offre proposée), soit par panel élargi (regroupant 80 à 100 gènes selon les panels). 

Plateformes expérimentales et d'analyse :

  • Génomique : les analyses sont réalisées sur séquenceurs Illumina (MiSeq, NextSeq500, NovaSeq6000). La plateforme dispose de 3 robots Hamilton et d’un robot Magnis dans un circuit sécurisé par l’utilisation de tubes 2D permettant une traçabilité du suivi analytique

Personnels techniques :

  • 5 techniciens
  • 2 ingénieures
  • 3 biologistes médicaux

Assurance qualité

Le secteur de biologie moléculaire du laboratoire d’hématologie du CHU de Toulouse est accrédité Cofrac, EFI, ERICLL et est adossé à des évaluations externes de la qualité du GBMHM et de UKNeqas.

Spécifications

La plateforme

Développement d'analyses NGS pour le diagnostic médical dans les hémopathies malignes.

Les études

Analyses NGS :

  • Les leucémies aiguës myéloïdes (Panel restreint LAM: ASXL1 (exon 1), DDX41 (exon 15), DNMT3A (exon 23), FLT3 (exons 16 et 20), IDH1 (exon 4), IDH2 (exon 4), NPM1 (exon 12)
  • Les syndromes myélodysplasiques et syndromes myélodysplasiques/syndromes myéloprolifératifs (Panel restreint LAM + Panel restreint SMD: SF3B1 (exons 14 et 15), SRSF2 (exon 1, U2AF1 (exons 2 et 6), UBA1 (exon 3) +/- Panel restreint RAS : KRAS (exons 2 et 3), NRAS (exons 2 et 3)
  • Les néoplasies myéloprolifératives (thrombocytémie essentielle, polyglobulie de Vaquez, myélofibrose : Panel restreint SMP : CALR (exon 9, JAK2 (exons 12 et 14), MPL (exon 10) ; mastocytose : Panel restreint mastocytoses: KIT (exons 8, 9, 11, 13 et 17) ; LMC atypiques : Panel restreint LMC atypiques : CSF3R (exons 14, 15, 16 et 17), ETNK1 (exon 3), SETBP1 (exon 4)
  • Les syndromes lymphoprolifératifs (Panel restreint SLP-B: BRAF (exon 15), CXCR4 (exon 2), MYD88 (exon 5), SPI1 (exon 5) ; Panel restreint SLP-T : STAT3 (exons 20 et 21), STAT5B (exon 16)
  • Les résistances aux thérapies innovantes (Panel restreint résistance : BCL2 (exon 2), BTK (exons 15 et 16), PLCG2 (exons 19, 20, 24, 27 et 30) ; Panel restreint TP53 : TP53 (exons 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 et 11)
  • Le chimérisme post-allogreffe (44 marqueurs évalués au diagnostic, 2 par chromosome; 6 marqueurs distinguant receveur et donneur au cour du suivi)

Exemples de partenariats

COVENIDAC, randomisation R4, NCT02416388 - Typage moléculaire rapide des patients inclus dans le protocole BIG1, randomisation R4-COVENIDAC à l’aide du panel restreint LAM (454 patients testés).

Partenaire : FILO-LAM

 

PHRC INTER REGIONAL EVATRYMS, NCT02441166 - Typage moléculaire rapide des patients inclus dans le PHRC Evatryms à l’aide du panel restreint KIT pour validation du statut de mastocytose (219 patients testés).

Partenaire : Service de dermatologie du CHU de Toulouse]

Modalités

 

Entité OPALE

CRCT (UMR-1037)

CRCT (UMR-1037)
Eric Delabesse
Pr Eric Delabesse
Responsable de l'Entité (IGAALD)

Contact

Sandrine Palcy Dr Sandrine Palcy
Responsable du Business Development

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